1、擦写方式不同

FLASH在写新的数据前必须先擦除，而且经常是只允许整页擦除，没有办法擦除一个字节，换句话说，只能成块的读写，特别是写。

EEPROM写之前不需要擦除，可以每次改写一个字节。当然，也有缺点，EEPROM读写速度慢，另外，容量比较小，也就是说EEPROM要贵。

2、使用情况不同

对单片机来说，关键性的数据，如传感器的标定数据，用户配置参数等，用EEPROM存储，而像文件等大容量的数据记录，或者经常读但很少写的数据，可以用FLASH闪存存储，像图片、字库、文件记录。

除了操作次数相当高外，操作时间也很短，基本上命令发完就完成了读写操作，不需要eeprom的写等待查询。

3、擦写次数不同

eeprom比flash多很多，一般flash数据保证保存10年擦写的次数在几千次（现在有些已经到了上万次），eeprom的数据比这个大，但普通eeprom也是有限制。

如果要“无限制”，可以选择FRAM，它虽然读一次和写一次都算一次操作，但操作次数可以到10的12次方级别，基本可以认为是无限。

参考资料来源：搜狗百科—EEPROM

参考资料来源：搜狗百科—Flash